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水处理设备中常见的消毒方式有两种，一种是物理消毒，另一种是化学消毒。物理消毒分为巴氏消毒、过热水灭菌或纯蒸汽灭菌。臭氧、过氧化氢、次氯酸等均是常用的化学消毒剂。
巴氏消毒法也称低温消毒法，它的一种能杀死各种病原菌的热处理方法，其对象主要是病原微生物及其他生长态菌。巴氏消毒的工作原理是，利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但是经过巴氏消毒后，仍保存小部分较耐热的细菌或细菌芽孢。因此巴氏消毒不是无菌处理过程。
过热水灭菌简称煮沸，是最简单有效的消毒方法，不需要特殊设备即可进行。煮沸时间一般为10～30分钟。
纯蒸汽灭菌是一种可靠、经济、快速灭菌的方法，灭菌后无残留毒笥。121℃灭菌时间为30分钟，126℃为20分钟。
紫外线消毒在水处理设备中，紫外线消毒装置主要安装于水处理设备的RO/EDI循环管路及储存与分配管网循环管路，以防止系统中微生物指标的过快增长。足够剂量下，紫外辐射是一种有效的消毒方式。紫外线消毒的原理较为复杂，一般认为它与对生物体内代谢、遗传、变异等现象起着决定性作用的核酸相关。
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